Da non perdere neanche la Sala Maya, di notevole importanza è la maschera mortuaria di giada del famoso governante Pakal Il Grande e la riproduzione della sua tomba, situata nel Tempio delle Iscrizioni a Palenque, Chiapas​.

Un altro reperto famoso del museo è la Cabeza Colosal olmeca, risalente al 1200-600 a.C. (preclassico medio). La rappresentazione della figura umana, soprattutto della testa, la parte più importante del corpo, fu una ricerca costante della cultura olmeca. La testa colossale esposta al museo pesa circa 20 tonnellate ed è una delle più grandi del gruppo rinvenuto a San Lorenzo, Veracruz.